Jaap Van Benthem a enseigné la théorie musicale à l’université d’Utrecht jusqu’en 2001. Ses publications ont essentiellement porté sur la musique des xve et xvie siècles, ainsi que sur le compositeur Johan Wagenaar. Avec Willem Elders, il coordonne la New Josquin Edition. Il a également édité les messes et sections de messes de Johannes Ockeghem.